آزمایش نمونه مدفوع از نظر عوامل باکتریایی
باكتری‌های فرصت‌طلب روده‌ای اغلب به‌صورت فلور نرمال در روده‌ها وجود دارند، بنابراین می‌توان آن‌ها را از نمونه‌های دستگاه گوارش (نظیر نمونه مدفوع یا سواب ركتال) جدا كرد كه اهمیت زیادی ندارد، البته هنگامی كه ارگانیسم‌های مهاجم روده‌ای خصوصاً سالمونلا، شیگلا و یرسینیا در این نمونه‌ها وجود داشته باشند به‌عنوان عامل بیماری‌زایی محسوب می‌شوند.
برای جداسازی شیگلاها بافر فسفات بهتر از Cary& blair است
جمع‌آوری و انتقال نمونه مدفوع:
نکته : چنانچه فاصله‌ی محل نمونه‌برداری تا آزمایشگاه زیاد بود، بهتر است از محیط Cary & blair یا بافر فسفات استفاده شود.
نمونه مدفوع در ظروف پلاستیكی دهان‌گشاد جمع‌آوری می‌گردد و باید حداكثر تا یک ساعت مورد آزمایش قرار گیرد (زیرا میكروارگانیسم‌های پاتوژن به تغییرات pH كه در اثر تجزیه‌ی تركیبات موجود در نمونه توسط فلور میکروبی نرمال حاصل میشود و نیز سایر تغییرات حساس می‌باشند).
اگر فاصله بین نمونه‌برداری تا انجام كشت عملا با ۲ تا ۳ ساعت تأخیر مواجه شود، باید نمونه را بر روی محیط‌های ترانسپورت (Transport) مانند Amies ,Stuart ,Cary & blair و Buffered glycerol-saline كشت نمود.
چنانچه بیمار قادر به تهیه نمونه نباشد از روش سواب رکتال که نسبت به برداشت مدفوع به روش معمول ارزش كمتری دارد، استفاده میشود. هرچند که در این‌گونه موارد روش دیگر مانند Proctoscopy كه از درون ركتوم و بالاتر برداشت می‌گردد قابل اطمینان‌تر از روش برداشت از سواب رکتال است.
آزمایش مستقیم مدفوع:
ابتدا یک لام مستقیم به طریق قطره مرطوب تهیه میکنیم سپس این موارد را از قسمت های بلغم دار یا همان موکوس جدا میکنیم و این قسمت حاوی خون است حالا قسمتی که تهیه کردیم را با سرم فیزیولوژی رقیق کرده وبه ان 1قطره متیلن بلو اضافه میکنیم و همچنین یک لام جدا گانه با استفاده از لوگول رقیق تهیه میکنیم در این گونه موارد مشاهده ی گلبول سفید(WBC)وحضور ارگانیسم پاتوژن به ویژه شیگلا مطرح است.
نمونه‌ی مدفوع باید ظرف مدت1ساعت کشت داده میشود. اگر تاخیر بیشتر از ۲ ساعت باشد باید از محیط کشت ترانسپورت کری بلر استفاده کنیم که پاتوژن‌ها از جمله کامپیلوباکتر و ویبریو را محافظت می‌کند.
برای گونه‌های شیگلا که حساس هستند بهترین کار این است که مستقیما نمونه‌ای که از بیمار گرفته شود کشت داده شود و محیط کشت هم قبلا به دمای اتاق رسیده است. اگر این امر امکان نداشته باشد محیط ترانسپورت که حاوی حجم مساوی گلیسرول و بافر فسفات ۳۳٫/. مولار (pH=7) است به محیط کری بلر ترجیح می دهیم.
اگر نمونه‌ی مدفوع شل و به شکل مایع باشد تهیه‌ی 1لام مستقیم مرطوب سریع‌ترین روش برای تشخیص تروفوزوئیت‌های متحرکی از قبیل دی آنتامبا فراژیلیس، آنتامبا، ژیاردیا، و سایر پارازیت‌های روده‌ای مثل کیلوماستیکس مسنلی، آنتامبا کلی، تریکوموناس هومینیس است.
جداسازی پاتوژن‌های روده‌ای:
سالمونلا و شیگلا در طی مرحله حاد بیماری (سه روز اول) جدا می‌گردند، ازاین‌رو كشت مدفوع باید در روزهای اولیه بیماری انجام گیرد.
به دلیل این‌که باكتری‌های كومنسال خیلی سریع رشد می‌كنند، ازاین‌رو از محیط‌های كشت اختصاصی استفاده میشود تا از رشدشان جلوگیری گردد. حداقل محیط‌های لازم جهت کشت مدفوع مکانگی آگار و ائوزین متیلن بلو (EMB) جهت ایزوله کردن اولیه تمام گونه‌های باسیل‌های گرم منفی روده‌ای، هكتون انتریك آگار (HE) و گزیلوز لایزین دكربوكسیلاز (XLD) برای جداسازی سالمونلاها و شیگلاها، و محیط‌های غنی مانند GN یا سلنیت F است. در مورد سلنیت F باید توجه شود که بعد از ۱۲-۸ ساعت روی محیط HE ساب‌کالچر گردد. اگر GN استفاده میشود، بایستی بعد از ۴ ساعت روی محیط HE ساب کالچر شود. لازم به ذکر است که در بیشتر آزمایشگاه‌های کلینیکی به‌طور روتین در سلنیت F و GN کشت نمی‌دهند.
جداسازی پاتوژن‌های خارج روده‌ای:
این نمونه‌ها باید بر روی ۲ پلیت آگار یعنی یك محیط بلادآگار و یك محیط مكانگی آگار یا EMB آگار و SS آگار كشت داده شوند. در مرحله بعد با مشاهده باسیل‌های گرم منفی، دارای واكنش کاتالاز مثبت و اکسیداز منفی با انجام تست‌های بیوشیمیایی تشخیص قطعی داده میشود.مثلاً با مشاهده كلنی‌های سبز درخشان بر روی محیط EMB به E.coli مشكوك شده و یا مشاهده‌ی كلنی‌های درشت، موكوئیدی و قوام‌دار احتمال وجود باكتری كلبسیلا را افزایش می‌دهد. یرسینیا انتروکولیتیکا روی محیط CIN کلنی bull’s-eyes با مرکز قرمز رنگ و حاشیه شفاف ایجاد می‌کند. داشتن حرکت موج‌وار (سوارمینگ) روی محیط بلاد آگار از ویژگی‌های پروتئوس‌ها است.
سراشیا مارسیسنس کلنی‌های با پیگمان قرمز تولید می‌کند.